As lagoas de estabilização são consideradas uma das técnicas mais simples e eficazes no tratamento de esgotos. Juazeiro possui atualmente quatro lagoas de tratamento, sendo uma anaeróbia e três facultativas. Nas anaeróbias a estabilização não conta com o oxigênio dissolvido, fazendo com que os organismos removam o oxigênio dos resíduos. Já as facultativas dependem da fotossíntese para a produção de oxigênio. Com o crescimento habitacional registrado nos últimos anos no município e a retomada da obra do saneamento pela atual gestão, os serviços em execução com a construção de 20 estações elevatórias, emissários e ligações domiciliares e condominiais, irão deixar a cidade com 95% de área saneada.
O projeto inicial do saneamento não contemplava a ampliação da Estação de Estabilização, o que inviabilizaria todo o sistema. Para não travar o crescimento da cidade o governo municipal, através do Serviço Autônomo de Água e Esgoto – SAAE, colocou um aporte na ordem de R$ 4,5 milhões para a obra de ampliação da ETE, que já foi iniciada. Segundo informou o engenheiro Henrique Santiago, a capacidade atual de tratamento de esgoto na ETE é de 160 litros por segundos. Com a ampliação, explica ele, o tratamento vai passar para 308 litros/segundos. Já o engenheiro Antonio Henrique, fiscal da obra pelo SAAE, revela que a ampliação ocupará uma área de cinco hectares (ao lado da atual lagoa) e deverá receber cerca de 200 metros cúbicos de aterro para a segurança do serviço. ..