O Juazeiro Social Clube, fundado em 16/08/1995, surgiu da fusão entre oito times amadores que disputavam na LIGA DESPORTIVA JUAZEIRENSE (América, Barro Vermelho, Carranca, Colonial, Grêmio, Olaria, XV de Novembro e Veneza). Em 1996, conquistou seu primeiro título, o da Segunda Divisão baiana. Na estreia na elite do futebol baiano, terminou em um satisfatório terceiro lugar.
Em 2000, disputou o Módulo Verde da Copa João Havelange, terminando na vice-liderança do Grupo B (atrás do Corinthians Alagoano). Na segunda fase, terminou como líder do Grupo 1, superando a Tuna Luso. O Juazeiro flertou com o acesso à Série B até a última rodada, disputando a vaga na final com o Uberlândia, sendo que os dois clubes terminariam empatados em vitórias, empates, derrotas e pontos ganhos. Mas a equipe mineira levou vantagem no saldo de gols (10 marcados e seis sofridos, saldo de 4), enquanto os baianos marcariam seis gols, levando quatro (saldo de 2). Na sua história, podemos registrar também outras boas participações. Por exemplo, em 2001, após uma gradativa evolução, o Juazeiro, sob o comando do técnico Élcio "Sapatão" Nogueira, conquista o vice-campeonato baiano de futebol daquele ano, tendo sido derrotado na final pelo Bahia, por 3x0...